個人形態の場合、税務調査では個人的な経費であるか否かの厳しいチェックがありますが、事業に直接関係する交際費であれば全額経費になります。しかし、医療法人の場合は全額を損金とすることはできません。ただし、出資金が1億円未満の法人は、年400万円までのうち、90%の360万円まで損金算入が認められます。

個人事業においては従業員が５人未満である場合、社会保険の加入の義務はありませんが、法人の場合においては従業員の人数に関係なく、強制加入の対象となります。　社会保険に加入するということは、従業員の社会保険料にかかる事業主分が負担増となります。　反面、優良な人材の確保がその分容易なることも考えられます。ただし、個人事業でも従業員が５人以上であれば、医療保険業が強制適用業種に該当するので強制加入となることに注意が必要です。

医師の場合、個人事業であれば医師国保、歯科医師国保に加入できます。（存在しない都道府県もありますので、必ず加入できるとは限りません。）　医師国保の場合、通常の国保と違い収入により保険料が上下することがありません。保険料は、一人当たりいくらと定められていますので、通常の国保と比較して保険料が割安になることが多いです。　　よって、現在医師国保に加入していない院長先生は、必ず加入できる医師国保がないかを確認してください。なお、個人事業から法人成りして医療法人になる場合でも、個人時代に医師国保に加入している場合は、医療法人になった後でも、引き続き医師国保に加入することが出来ます。　医療法人になった後に、初めて医師国保に加入しようとしても認められませんので注意が必要です。　　この場合は一般の会社と同様に、政府管掌の健康保険（社保）に加入することになります。　この為、医療法人化を考えられている院長先生で、医師国保に入っていない先生は、医師国保に入った後に医療法人化した方が、保険料の節約になります。　なお、医療法人化した後の年金は、国民年金ではなく厚生年金になりますので、この点については一般の会社と変わりません。

理事長と医療法人は、人格が異なるため、理事長でも法人のお金を勝手に流用することはできません。　　もし、個人の資金繰りのために医療法人から借りた場合には利息を付けて返済しなければならなくなります。　　法人から見た場合、理事長が個人的に使ったお金は、貸付金若しくは役員賞与（経費にならない）と認識されます。

設立手続き、決算後の届出・登記など、法人の場合は、面倒な届出等が発生します。　　定期的に社員総会を開催し、その議事録を作成し、決算事業年度終了後に決算の届出、及び、総資産の変更登記、並びに、変更登記にかかる官庁への届出が必要となります。　また、定款の記載事項に変更があった場合（例えば、診療所移転など）に、都道府県知事へ申請し、その許可を得なければならないなど、管理業務の負担が増加します。

医療法人は株式会社と違って、利益が出ても配当することが出来ません。　　したがって、利益が医療法人に留保されるため、その分相続財産としての出資持分の評価額が大きくなりやすく、医療法人の出資金という換金性の低い相続財産が膨らみがちになります。　ただし、クリニックである医療法人の規模であれば、毎月の役員報酬や役員退職金などの支給額で、出資金が膨らまないようにコントロールすることは可能です。　現存する医療法人の大部分が、持分ありの医療法人ですので、出資金が大きくならないように早めの相続対策が必要です。

利益の内部留保が多くなっていった場合、解散時における配当所得課税が生じます。　ただし、解散時点までに余剰金を意図的にゼロになるまで減少させていけば（役員報酬の増加、役員退職金の支給など）、みなし配当所得を少なくすることは可能です。